La rectoría de José Alvarado se desarrolló desde su inicio, 8 de diciembre de 1961, en medio de una constante presión por parte de sectores conservadores de la comunidad por su ideología liberal, ex militante de los partidos Comunista y Popular, antecedente que le volvió blanco fácil para las asociaciones conservadoras en el contexto de la implementación del libro gratuito en el país. El periódico El Norte ejerció una campaña especialmente crítica en su contra; toda la presión terminó por ocasionar su renuncia el 8 de febrero de 1963, sustituido por su secretario general, Alfonso
Rangel Guerra.